| 1 | Henri Anier
Paide Linnameeskond | Paide Linnameeskond | 30 | 26 |
| 2 | Zakaria Beglarishvili
FCI Levadia Tallinn | FCI Levadia Tallinn | 32 | 24 |
| 3 | Rauno Sappinen
FC Flora | FC Flora | 30 | 23 |
| 4 | Robert Kirss
FCI Levadia Tallinn | FCI Levadia Tallinn | 26 | 17 |
| 5 | Sergei Zenjov
FC Flora | FC Flora | 30 | 14 |
| 6 | Kaimar Saag
Tulevik Viljandi | Tulevik Viljandi | 28 | 12 |
| 7 | Aleksandr Sapovalov
TJK Legion | TJK Legion | 28 | 11 |
| - | Mattias Männilaan
Kuressaare | Kuressaare | 25 | 11 |
| - | Tristan Koskor
Tammeka Tartu | Tammeka Tartu | 28 | 11 |
| 10 | Aleksandr Zakarlyuka
JK Trans Narva | JK Trans Narva | 31 | 10 |
| 11 | Rauno Alliku
FC Flora | FC Flora | 27 | 9 |
| - | Pavel Marin
Kalju Nõmme | Kalju Nõmme | 26 | 9 |
| - | Märten Pajunurm
Kuressaare | Kuressaare | 30 | 9 |
| 14 | Deabeas Owusu Sekyere
Paide Linnameeskond | Paide Linnameeskond | 21 | 8 |
| - | Henrik Ojamaa
FC Flora | FC Flora | 26 | 8 |
| - | Kirill Nesterov
TJK Legion | TJK Legion | 29 | 8 |
| - | Alex Matthias Tamm
Kalju Nõmme | Kalju Nõmme | 30 | 8 |
| 18 | Nikita Andrejev
TJK Legion | TJK Legion | 16 | 7 |
| - | Aleksandr Volkov
Kalju Nõmme | Kalju Nõmme | 28 | 7 |
| - | Konstantin Vassiljev
FC Flora | FC Flora | 24 | 7 |
| - | Eduard Golovljov
JK Trans Narva | JK Trans Narva | 28 | 7 |
| - | Bogdan Vaštšuk
FCI Levadia Tallinn | FCI Levadia Tallinn | 26 | 7 |
| 23 | Otto-Robert Lipp
Kuressaare | Kuressaare | 15 | 6 |
| - | Vladyslav Khomutov
Kalju Nõmme | Kalju Nõmme | 16 | 6 |
| - | Ernest Agyiri
FCI Levadia Tallinn | FCI Levadia Tallinn | 24 | 6 |
| 26 | Igor Dudarev
Tammeka Tartu | Tammeka Tartu | 14 | 5 |
| - | Ken Kallaste
FC Flora | FC Flora | 15 | 5 |
| - | Enrico Veensalu
Pärnu JK Vaprus | Pärnu JK Vaprus | 25 | 5 |
| - | Kevin Mätas
Tammeka Tartu | Tammeka Tartu | 26 | 5 |
| - | Siim Luts
Paide Linnameeskond | Paide Linnameeskond | 21 | 5 |
| - | Gleb Pevtsov
JK Trans Narva | JK Trans Narva | 24 | 5 |
| - | Rasmus Peetson
FCI Levadia Tallinn | FCI Levadia Tallinn | 25 | 5 |
| - | Silver Alex Kelder
Kuressaare | Kuressaare | 25 | 5 |
| - | Vladimir Avilov
Kalju Nõmme | Kalju Nõmme | 26 | 5 |
| - | Markus Poom
FC Flora | FC Flora | 29 | 5 |
| - | Anton Krutogolov
Pärnu JK Vaprus | Pärnu JK Vaprus | 28 | 5 |
| - | Frank Liivak
FCI Levadia Tallinn | FCI Levadia Tallinn | 31 | 5 |
| - | Andre Frolov
Paide Linnameeskond | Paide Linnameeskond | 30 | 5 |
| - | Igor Subbotin
Kalju Nõmme | Kalju Nõmme | 29 | 5 |
| 40 | Hadji Drame
Paide Linnameeskond | Paide Linnameeskond | 26 | 4 |
| - | Kristjan Kask
Tulevik Viljandi | Tulevik Viljandi | 28 | 4 |
| - | Herol Riiberg
Tulevik Viljandi | Tulevik Viljandi | 27 | 4 |
| - | Kaspar Paur
Kalju Nõmme | Kalju Nõmme | 29 | 4 |
| - | Nikita Komissarov
Tulevik Viljandi | Tulevik Viljandi | 29 | 4 |
| - | Sander Laht
Kuressaare | Kuressaare | 29 | 4 |
| - | Brent Lepistu
FCI Levadia Tallinn | FCI Levadia Tallinn | 31 | 4 |
| 47 | Danil Kuraksin
FC Flora | FC Flora | 12 | 3 |
| - | Hannes Anier
FCI Levadia Tallinn | FCI Levadia Tallinn | 14 | 3 |
| - | Henri Välja
FC Flora | FC Flora | 13 | 3 |
| - | Strahinja Krstevski
FCI Levadia Tallinn | FCI Levadia Tallinn | 10 | 3 |